Πανίδα

Στην ευρύτερη περιοχή των Ανωγείων φιλοξενούνται όλα σχεδόν τα ζωικά είδη που συναντώνται στην Κρήτη, τόσο θηλαστικά όσο και τα πτηνά. Στην περιοχή των Ανωγείων όπως και σε ολόκληρη την Κρήτη δεν υπάρχουν σαρκοφάγα θηλαστικά που να ανταγωνίζονται τον άνθρωπο (λύκος, τσακάλι κλπ.). Μοναδική εξαίρεση αποτελεί ο Αγριόγατος (Felis silvestris cretensis), o οποίος σύμφωνα με μαρτυρίες κτηνοτρόφων τρέφεται με αρνιά και κατσίκια μικρής ηλικίας αλλά ο πληθυσμός του είδους είναι τόσο μικρός που δεν αποτελεί απειλή. Γενικά τα πλέον συχνά σε παρουσία μεγάλα ζώα της περιοχής είναι ο Άρκαλος, ο Λαγός, ο Αγκαθοπόντικας, το Κρητικό κουνάβι, η Νυφίτσα και η Ζουρίδα.

Η περιοχή του Ψηλορείτη λόγω της γεωγραφικής της θέσης και της γεωλογικής της ιστορίας, συγκεντρώνει πανίδα που αποτελείται από στοιχεία με ετερόκλητη ζωογεωγραφική προέλευση, σημαντική πανίδα τόσο από ποιοτική, όσο και από ποσοτική άποψη. Ενδημικά, σπάνια και ιδιαίτερα πανιδικά στοιχεία, εμφανίζονται με ένα μοναδικό συνδυασμό.  Μοναδικά οικοσυστήματα στην περιοχή τα φαράγγια, στα οποία δημιουργείται ένα σπουδαίο καταφύγιο για αρκετά είδη ζώων που το χρησιμοποιούν ως χώρο φωλιάσματος, τροφοληψίας και ξεκούρασης. Οι σπηλιές αποτελούν επίσης εξαιρετικά ευαίσθητα οικοσυστήματα που φιλοξενούν εκτός από τα ασπόνδυλα και πολλές ομάδες σπονδυλοζώων με σημαντικότερη αυτή των Χειροπτέρων (νυχτερίδων). Γενικά ο ενδημισμός στο επίπεδο των σπονδυλόζωων είναι πολύ μικρός. Αυτό οφείλεται στην γεωλογική και παλαιογεωγραφική εξέλιξη της περιοχής. Τα περισσότερα από τα είδη που απαντώνται στην ευρύτερη περιοχή του Ψηλορείτη προστατεύονται από το Π.Δ.67/Ι98Ι και από Διεθνείς Συμβάσεις, ενώ επίσης περιέχονται στο Κόκκινο Βιβλίο των Απειλούμενων Σπονδυλοζώων της Ελλάδας ως κινδυνεύοντα είδη, Τρωτά και Σπάνια.

Ορνιθοπανίδα 

Η ορεινή περιοχή των Ανωγείων παρουσιάζει αξιόλογο ορνιθολογικό ενδιαφέρον, εξαιτίας των σημαντικών πληθυσμών και της ποικιλίας των πτηνών κυρίως των αρπακτικών που αναπαράγονται στα όρια της. Τα είδη που απαντώνται ταξινομούνται γενικά σε τρείς οικολογικές ομάδες: τα αρπακτικά, τα στρουθιόμορφα (εκπροσωπούν την πολυπληθέστερη ομάδα ειδών) και τα υπόλοιπα μη στρουθιόμορφα είδη. Ο Ψηλορείτης είναι περιοχή, σημαντική για τα αρπακτικά καθώς αναπαράγονται ο Γυπαετός Gypaetus barbatus, το όρνιο Gyps fulvus, ο Χρυσαετός Aquila chrysaetos, ο Σπιζαετός Hieraaetus fasciatus και ο Πετρίτης Falco peregrinus. Επίσης αναπαράγεται η Νησιωτική Πέρδικα Alectoris chukar και η Κοκκινοκαλιακούδα Pyrrhocorax pyrrhocorax. To καλοκαίρι εμφανίζεται ο Μαυροπετρίτης (Falco eleonora).